کتابخانه آیت‌الله مرعشی نجفی سومین کتابخانه جهان اسلام از حیث دارا بودن نسخ خطی قدیمی به شمار می‌آید. هسته اوليه اين كتابخانه هنگامي كه مؤسس آن حضرت آيت‌الله العظمي مرعشي نجفي در نجف اشرف به تحصيل اشتغال داشت، شكل گرفت. آيت‌الله مرعشي نجفي نخست فهرستي از كتاب‌هاي ارزشمند خطي و چاپي كم‌ياب را كه در كمتر كتابخانه‌اي يافت مي‌شد، تهيه نمود و پس از آن با فروش وسايل شخصي و تحمل گرسنگي و حذف يك وعده غذاي شبانه‌روز خود و نماز و روزة استيجاري شروع به خريد آنها كرد. كتاب‌هاي ارزشمندي كه از پدر ایشان به ارث رسيده بود نيز در تشكيل اين مجموعه بي‌تأثير نبود. 

آيت‌الله مرعشي نجفي در سال 1342 قمری از عراق به ايران مهاجرت نمود و مجموعه‌هاي فراهم شده را نيز به ايران انتقال داد و در منزل شخصي خويش به نگهداري از آنها پرداخت و به جمع‌آوري ديگر نسخه‌هاي نفيس نيز همت گمارد. در سال 1338 به علت كمبود جا 278 نسخه خطي نفيس را كه بيشتر به زبان فارسي بودند، به كتابخانة دانشكدة معقول و منقول دانشگاه تهران اهدا نمود و شمار بسياري از نسخه‌هاي خطي و چاپي ديگر را نيز به كتابخانه‌هاي بزرگ هديه كرد. 

پس از تأسيس مدرسه مرعشيه در سال 1385 قمری، كتابخانة كوچكي در دو اتاق از مدرسة مزبور به اين كار اختصاص داده شد. در سوم شعبان همان سال، مطابق با 1344 ش، با انتقال مجموعه‌اي از كتاب‌هاي چاپي و بخشي از نسخه‌هاي خطي به طبقة سوم مدرسه، كتابخانة جديد گشايش يافت. 

با استقبال روزافزون پژوهشگران و محققان، اين كتابخانه با كمبود جدي فضا مواجه گشت. سرانجام در سال 1390 ق با خريد هزار متر مربع زمين، كلنگ بناي كتابخانة بزرگ به دست حضرت آيت‌الله العظمي مرعشي نجفي به زمين زده شد. در 12 شهريور 1353 كتابخانة عمومي با بيش از 16000 جلد كتاب خطي و چاپي افتتاح گرديد و چندي بعد، پانصد متر مربع نيز به فضاي كتابخانه، ضميمه گرديد. 

با استقبال بي‌نظير علاقه‌مندان، بار ديگر كتابخانه با كمبود فضا رو برو شد؛ به همين دليل امام خميني‌(ره) طي حكمي در تاريخ 24 اسفند 1367 دولت وقت را موظف نمود كه نسبت به گسترش كتابخانه با همكاري و راهنمايي حجت‌الاسلام سيد محمود مرعشي نجفي متولي و رييس كتابخانه اقدام نمايد. 

در پي اين حكم، ساختمان قديمي شركت بيمه ايران از سوي دولت به كتابخانه اهدا شد و با خريد زمين‌هاي اطراف، در مجموع زميني بالغ بر 2400 متر تهيه گرديد. در 22 تيرماه 1369 كلنگ ساختمان جديد توسط حضرت آيت‌الله العظمي مرعشي نجفي به زمين زده شد. سرانجام پس از ده سال، ساختمان جديد در 7 طبقه و مجموعاً با زيربناي 16000 متر مربع با مدرن‌ترين تجهيزات مربوطه آماده بهره‌برداري گرديد. هم اكنون مجموع زير‌بناي ساختمان قديم و جديد بالغ بر 21000 متر مربع مي‌باشد. 

در حال حاضر اين كتابخانه با بيش از چهارصد مركز فرهنگي و كتابخانه‌هاي جهان که از جمله آنها می‌توان به کتابخانه کنگره آمریکا اشاره کرد، ارتباط متقابل دارد و با آغاز به كار ساختمان جديد تعداد كل كاركنان كتابخانه به بيش از 300 نفر افزايش يافته است. اکنون اين كتابخانه از لحاظ تعداد و كيفيت نسخه‌هاي نفيس و كهن خطي اسلامي، نخستين كتابخانه در كشور ايران و سومين كتابخانه در جهان اسلام به شمار مي‌آيد. 

آیت الله العظمی مرعشی نجفی خود اهداف ایجاد این کتابخانه را چنین بیان داشته است:
ـ‌ ايجاد يك مركز بزرگ فرهنگي، اسلامي و بين‌المللي كه روند توسعه و پيشبرد دستاوردهاي عظيم علمي دانشمندان مسلمان را طي چهارده قرن گذشته بنماياند.
ـ گسترش فرهنگ تحقيق و پژوهش در جامعه كه ضرورت آن بيش از هر زمان ديگري احساس مي‌شد.
ـ آگاهي پژوهشگران از وجود منابع مكتوب گردآوري شده در يك مركز بزرگ و آشنايي بيشتر آنان با ميراث اسلامي كه در علوم و فنون مختلف نگارش يافته، و نام بسياري از آنها در منابع موجود نيامده، از طريق نگارش و انتشار فهرست آنها.
ـ گردآوري نسخه‌هاي خطي نفيس اسلامي و تمركز آنها در يك مركز بزرگ به منظور جلوگيري از تاراج اين ثروت ملي كه پيوسته از سوي سوداگران بين‌المللي از كشورهاي اسلامي خارج مي‌شد.
ـ اولويت دادن به گردآوري نسخه‌هاي خطي كهن و يا نسخه‌هاي اصل به خطوط مؤلفان كه از اعتبار و اصالت برخوردارند و تمركز آنها در يك مركز براي استفادة پژوهشگران.
ـ تهيه و جمع‌آوري تصوير و ميكروفيلم از نسخه‌هاي خطي نفيس اسلامي كه در صد سال اخير از ايران و يا كشورهاي اسلامي خارج شده و هم اكنون در كتابخانه‌هاي ديگر ملل قرار دارد؛ همچنين تمركز آنها به منظور دستيابي پژوهشگران و بايگاني و نگهداري از آنها.
ـ تحويل اين گنجينة عظيم بشري به نسل‌هاي بعدي؛ تا از فرهنگ سرشار نياكان خود آگاهي يابند و بتوانند در تدوين تاريخ علم ‌از اين ميراث مكتوب، كه تنها كليد راهيابي به آن است، استفاده نمايند.
ـ حفظ و حراست از ذخاير مكتوب اسلامي كه از لابه‌لاي حوادث روزگار(مانند: آتش‌سوزي، بي‌توجهي زمامداران بي‌كفايت و علم ستيز به ميراث مكتوب، اوج‌گيري و تشديد اختلافات مذهبي و فرقه‌اي در طول اعصار، سيل و زمين‌لرزه) به ما رسيده است. نیز بازسازي و ترميم و تهية ميكروفيلم از آنها به منظور پيشگيري از فرسايش بيشتر اين ميراث بشري. 

كتابخانه آیت‌الله مرعشی نجفی از مراكز، واحد‌ها و بخش‌هاي مختلفي تشكيل شده است كه زير نظر مستقيم توليت و رياست كتابخانه انجام وظيفه مي‌نمايند. اين مراكز، واحد‌ها و بخش‌ها عبارتند از: 

الف) حوزة متولي و رياست شامل روابط عمومي و امور بين‌الملل، تشريفات و استقبال، دبيرخانه، واحد خواهران و مراسلات. 

ب) مركز خدمات همگاني:
اين واحد پاسخگوي مراجعان؛ اعم از عادي، متخصص و پژوهشگران خواهر و برادر است. بخش‌هاي اين مراكز به ترتيب عبارتند: 

ـ تالار بزرگ ابن سينا: اين تالار براي استفادة عموم است و 2200 متر مربع مساحت دارد. و داراي 750 صندلي با ميز‌هاي چهار و شش نفره است. در حال حاضر به طور متوسط 3 تا 4 هزار نفر در دو نوبت صبح و عصر از اين تالار استفاده مي‌كنند. اعضاي ثابت كتابخانه با احتساب خواهران بالغ بر چهل هزار نفر است. 

ـ تالار ويژه كتاب‌هاي حوزوي: در اين تالار طلاب حوزة علميه بدون كارت عضويت و با ارائة هر‌گونه كارت شناسايي ديگر مي‌توانند از كتاب‌‌هاي موجود در آن استفاده نمايند. 

ـ تالار خواجه نصير‌الدين طوسي: اين تالار با ظرفيت دويست صندلي به برگزاري همايش‌ها و… اختصاص دارد. 

ـ تالار شيخ مفيد: اين تالار ويژه نشست‌ها و كنفرانس‌هاي مختلفي است كه كتابخانه برگزار مي‌نمايد. 

ج) مركز منابع و خدمات ويژه (كانون پژوهش):
اين مركز داراي واحدهايي به شرح زير است: 

1ـ گنجينة نسخه‌هاي خطي: تا پايان سال 1382 تعداد نسخه‌هاي خطي كتابخانه 75هزار عنوان، مشتمل بر بيش از 37000 مجلد بوده است كه به زبان های فارسی، عربی، ترکی، اردو و اندکی لاتین و سانسکریت، پهلوی و دیگر زبان‌ها در موضوعات علوم اسلامی و غیر‌اسلامی در این کتابخانه گردآوری شده‌اند. به طور متوسط هر سال در حدود 500 تا 800 نسخة خطي نفيس گزينش شده به صورت خريداري و بخش اندكي اهدايي به اين گنجينه افزوده مي‌شود. 

کهن‌ترین نسخه خطی اسلامی در این کتابخانه بخشی از قرآن کریم به خط کوفی بر روی پوست، از نیمه نخست سده دوم هجری است. کهن ترین نسخه خطی غیر اسلامی نیز مجموعه ای از زبور بر روی پوست، به خط لاتین از سده دوازده میلادی است. 

2ـ گنجينة نسخه‌هاي عكسي‌(تصويري)، این گنجینه از بيش از چهارهزار مجلد نسخه‌هاي خطي نفيس موجود در كتابخانه‌هاي خارج از كشور و اندكي نيز از كتابخانه‌هاي داخلي تهيه شده است. 

3ـ گنجينة ميكروفيلم و ميكروفيش: اين گنجينه شامل ميكروفيلم‌هايي است كه از حدود 15 هزار نسخة خطي نفيس تهيه شده است. 

4ـ گنجينة اسناد مكتوب: در اين گنجينه بيش از صد هزار سند دست‌نويس از پنج سدة قبل تاكنون وجود دارد. 

5ـ نمايشگاه دايمي نمونه‌هايي از نسخه‌هاي نفيس خطي كتابخانه. 

6ـ گنجينة آثار علمي مكتوب و غير مكتوب بنيانگذار كتابخانه. 

7ـ گنجينة نسخه‌هاي چاپي بسيار كهن كه سابقة چاپ برخي از آنها به 5 سدة قبل بر مي‌گردد. کهن‌ترین نسخه چاپی اسلامی در این کتابخانه متن عربی کتاب نزهه‌المشتاق از شریف ادریسی در جغرافی است. کتاب القانون از ابن سینا در طب و تحریر اقلیدس از خواجه نصیر‌الدین طوسی در ریاضیات چاپ رم در سال های 1592 تا 1594 نیز از جمله دیگر کتب چاپی کهن در کتابخانه آیت‌الله مرعشی نجفی‌اند. 

8 ـ گنجينة نسخه‌هاي چاپ سنگي نادر و كمياب. 

9ـ گنجينه‌هاي مركزي كتاب‌هاي چاپي غير‌لاتين (فارسي، عربي، تركي و اردو)، در 3 طبقة كامل با گنجايش سه ميليون جلد كتاب كه هم‌اكنون نزديك به يك ميليون جلد كتاب چاپي در گنجينه‌هاي آن وجود دارد. 

10ـ گنجينة روزنامه‌ها و مجلات ادواري غير لاتين: در اين گنجينه تاكنون بيش از 2500 عنوان مجله و روزنامه به زبان‌هاي فارسي، عربي، تركي و اردو وجود دارد. 

11ـ گنجينة كتاب‌هاي مرجع و قفسه باز. 

12ـ گنجينة فهارس نسخه‌هاي خطي اسلامي كتابخانه‌هاي جهان. 

13ـ گنجينة كتاب‌هاي چاپي و مجلات و روزنامه‌هاي لاتين. 

14ـ آرشيو كتاب‌هاي ممنوعه. 

15ـ گنجينة اطلس‌ها و نقشه‌هاي جغرافيايي. 

16ـ گنجينة كتاب‌هاي چاپي مكرر. 

17ـ بخش ويژة پژوهشگران نسخه‌هاي خطي و اسناد مكتوب. 

18ـ مركز قم‌شناسي. 

19ـ مركز تبارشناسي. 

20ـ بخش فهرست‌نگاري نسخه‌هاي خطي كتابخانه. 

21ـ بخش بررسي و تنظيم و انتشار آثار علمي بنيانگذار كتابخانه. 

22ـ بخش تصحيح و تحقيق و پژوهش نسخه‌هاي خطي اسلامي. 

23ـ تالار بزرگ. 

24ـ بخش ايرانشناسي. 

د) مركز خدمات پشتيباني‌ اداري:
این مرکز شامل بخش‌هاي امور مالي، بخش گزينش و امور كاركنان، بخش آموزش، واحد تعاون و رفاه كاركنان، واحد بهداشت و درمان، واحد ورزش و تفريحات سالم، واحد حمل و نقل و ترابري و بخش ملاقات با كاركنان كتابخانه است. 

هـ) مركز خدمات پشتيباني اجرايي:
اين مركز از 18 واحد مختلف تشكيل گرديده است كه عبارتند از بخش خدمات رايانه‌اي مخابرات و شبكه‌هاي ارتباط داخلي و پست‌الكترونيكي «اينترنت»، بخش چاپ و انتشارات، امور نمايشگاه‌ها، امور همايش‌ها، مهمانسرا، مركز تأمين و تهيه منابع كتابخانه، بخش لابراتوار عكس و تصوير، دفتر فني گروه مشاوران ساختماني، دفتر فصلنامة ميراث شهاب، دفتر تهران، دفتر ترجمه، دفتر طرح و برنامه، امور مربوط به شعبه‌هاي كتابخانه، واحد فني تأسيسات و مراكز حفاظت و نگهباني فيزيكي از كتابخانه. 

و) مركز پژوهش‌هاي خدمات فني كتابداري و اطلاع‌رساني. 

ز) مركز حفاظت ذخاير و منابع كتابخانه شامل: بخش آسيب شناسي، قرنطينه، مرمت و بازسازي، مركز ميكروگرافي، مركز صحافي و جلد سازي و واحد اعلام و اطفاي حريق. 

ح) گنجينة اشياي غير مكتوب. 

ط) مركز دائره‌المعارف كتابخانه‌هاي جهان كه وظيفة تهيه و تدوين تاريخچه كتابخانه‌هاي بزرگ جهان كه داراي مخطوطات اسلامي مي‌باشند را بر عهده دارد. 

نشريات:
1. فصلنامة ميراث شهاب كه در موضوع نسخه‌شناسي، كتاب‌شناسي و كتاب پژوهي و به زبان فارسي است. 

2. در حال حاضر بالغ بر 250 عنوان كتاب در بيش از 500 جلد به وسيله واحد انتشارات اين كتابخانه چاپ و منتشر گرديده است. این کتاب ها به كتابخانه‌هاي بزرگ داخل و خارج كشور اهدا مي‌گردد.