وی تحصیلات خود را در خوانسار، نزد جدش جعفربن‌حسین خوانساری آغاز کرد و در اصفهان از محضر محمدباقر شفتی و در کربلا از سیدابراهیم موسوی قزوینی کسب دانش کرد. او از پدر و برخی بزرگان و استادانش اجازه روایت و اجتهاد گرفت.
تبحر و مهارت محقق خوانساری در علوم مختلف اسلامی از قبیل: فقه، اصول، کلام، حدیث، رجال، منطق، ادبیات و تاریخ و برخورداری از فصاحت و بلاغت در ادبیات عربی و فارسی این توان را به وی داد تا آثار ارزشمندی به جامعه علمی تقدیم کند؛ آثارش آنقدر محکم و پربار و از قلمی روان و سیال برخوردار است که تاکنون اعتبارش را در میان دانشوران و محققان حفظ کرده است.
در این ارتباط باید به کتاب وزین روضات الجنات ایشان اشاره کرد که یکی از شاهکارهای رجالی تاریخی و ادبی به‌شمار می‌رود و همواره مرجع محققان و پژوهشگران بوده است، در نگارش به قدری زبردست و توانا بود که جواب استفتا و احکام را هم منشیانه و با وزن و قافیه می‌نوشت.
علاوه بر نثر، در نظم و شعر نیز زبردست بود. اشعار فراوانی در موضوعات مختلف اخلاقی، اعتقادی و اصولی از وی به یادگار مانده که کتاب «قره العین و سرور النشأتین» او در موضوع عقاید مشتمل بر بیش از ۳۰۰۰ بیت، طرف الاخبار لتحف الاخیار مشتمل بر ۱۱۲۰۰ بیت و مجموعه قصاید در مناقب اهل بیت عصمت و طهارت و نیز اصول فقه‌اش که منظوم است، از جمله آثار بجا مانده از اوست.
میرزا محمدباقر خوانساری؛ فقیهی پژوهشگر در فقه جعفری و متفکری اصولی بود. تألیفات وی در زمینه فقه و اصول، از قبیل: رساله‌های خمس، فقه، نهریه، فضل الجماعه، اصول الفقه، ترجمه «رساله الصوم» صاحب جواهر و احسن العطیه و شرح «الفیه» شهید، گواه توانایی وی در استنباط احکام و تسلط کامل او در اصول و فقه اسلامی است.
در علم‌الحدیث دارای مهارت زیادی بود و تسلط کاملی بر روایات معصومین (ع) داشت. وی از معدود دانشمندان علم تراجم است که از نظر تخصص و احاطه تام و آگاهی کامل بر احوال راویان حدیث و اعلام و علمای اسلام، به سرحد کمال رسیده بود. او در این زمینه، مجتهدی بزرگ بود و تألیفات و آثار فراوانی از خود به یادگار گذاشته است، از جمله: رساله شرح حدیث حماد، طرف الاخبار لتحف الاخیار، تلخیص مجموعه ورام.
.jpg)
مهمترین اثر وی «روضات الجنات فی احوال العلماء و السادات» است که به سبب نگارش آن به صاحب روضات معروف شد. این کتاب از مهمترین کتاب‌های نوشته شده در شرح حال علما و فقها است، به‌طوری که مورد توجه دانشمندان علم رجال و شرح حال نویسان قرار گرفت و آن را مورد نقل یا نقد قرار دادند و در مدح آن سخنان بسیاری گفته‌اند.
موضوع کتاب شرح حال و معرفی علما، حکما، عرفا، ادبای گذشته و همه مشاهیر و اعلام شیعه و سنی تا زمان نویسنده است. کتاب برحسب حروف الفبا در حروف اول و دوم نام افراد، مبوب و مرتب شده و بیشتر ابواب شامل ۲۸ قسمت است. دسته‌بندی کلی کتاب به دو بخش فقهای شیعه و اعلام غیر از فقهای شیعه (شامل علمای غیرفقیه از هر دو فرقه شیعه و سنی) است. ذیل هر نامی، نام، نسب، کتابها و نیز جرح و تعدیل و توثیقات وی ذکر شده است.
بر این اساس کتاب روضات از نام ابراهیم بن محمد سعید بن هلال ثقفی (در ابتدای جلد اول) آغاز و به یوسف بن عبدالله (در پایان جلد هشتم) ختم میشود.
جلد اول از ابراهیم بن محمد سعید بن هلال ثقفی آغاز میشود و به احمد بن القاضی محمود ختم میشود و ۱۲۳ مدخل دارد. جلد دوم از ابوعمر اسحاق بن مرار شیبانی کوفی آغاز و به سید حیدر آملی ختم میشود و ۱۰۳ مدخل دارد. جلد سوم از حاتم بن عنوان بلخی شروع و با زید بن الحسن النحوی پایان مییابد. این جلد شامل ۸۶ مدخل است. جلد چهارم از سالم بن محفوظ حلی آغاز و به عنایه الله القهبایی الاصفهانی ختم میشود. این جلد ۱۱۳ مدخل دارد.
جلد پنجم از عاصم بن بهدله کوفی شروع میشود و در پایان به لطف الله بن عبدالکریم عاملی میپردازد. این جلد ۱۲۴ مدخل را شامل میشود. جلد هفتم از شهید اول محمد بن مکی العاملی تا محمد بن احمد ابوریحان بیرونی را در بر دارد. این جلد دارای ۷۷ مدخل است. جلد هشتم از محمد بن محمد احمد غزالی آغاز و به یوسف بن عبدالله ختم میشود. در این جلد ۸۸ مدخل بحث شده است.
نگارش کتاب در ۲ ذی‌الحجه ۱۲۸۶ق به پایان رسیده است. مؤلف می‌گوید ۳۰ سال عمر خود را روی این کتاب گذاشته تا بتواند درباره شرح حال صاحبان تصنیف، این اطلاعات را در ۸ جلد ارائه کند و در جای دیگر می‌نویسد: به مناسبت شرح حال هر بزرگی در خصوص عقیده و مسلکی که داشته بحث دقیقی به عمل آورده و مسائل بسیاری را بر خلاف سایر کتب تراجم در مورد شهرها بیان کرده است.
نظر شما