دکتر علی لاریجانی، رئیس مجلس شورای اسلامی در پیامی درگذشت استاد محمدباقر بهبودی را به جامعه علمی و فرهنگی کشور تسلیت گفت و او را «چهره برجسته تصحیح، ترجمه، حدیث‌‌پژوهی و تاریخ‌نگاری و محقق مطرح شیعه» خواند.

متن پیام دکتر علی لاریجانی به این شرح است:
 

فقدان چهره برجسته تصحیح، ترجمه، حدیث‌‌پژوهی و تاریخ‌نگاری و محقق مطرح شیعه مرحوم محمدباقر بهبودی موجب تأسف گردید.
آن مرحوم عمر خویش را به تصحیح و تحقیق و تألیف آثار در معرفت احادیث و روایات صرف کرد و در این زمینه آثار و تألیفات متعددی در نقد سندیت برخی احادیث برجای گذاشت.
روش آن مرحوم در بررسی روایات شیعه و نسبت آن با سایر آثار، بسیار برجسته و ممتاز بود و آثار به‌جامانده از ایشان منبع مهمی برای پژوهشگران، عالمان و اساتید حوزه و دانشگاه می‌باشد.
این جانب ضمن عرض تسلیت درگذشت استاد بهبودی به جامعه علمی و فرهنگی کشور، دوستان و خانواده محترمشان، برای آن مرحوم رحمت و مغفرت و برای بازماندگان صبر و اجر از درگاه خداوند طلب می‌کنم.

سید محمد خاتمی رئیس جمهوری پیشین ایران نیز در نامه‌ تسلیتی به فرزند شادروان محمدباقر بهبودی از وی با عنوان «عالم جلیل‌القدر، متفکر روشن‌بین و فرآن‌پژوه گرانقدر» یاد کرد. متن نامه خاتمی چنین است: