مکی پس از ۲۸ مرداد به رغم اختلاف با مصدق در دوره دوم نخست وزیری او، به حمله به خانه وی و تخریب آن اعتراض کرد، او در سال سی و چهار همراه با سایر اعضای جبهه ملی دستگیر شد و در مبارزات منتهی به انتخابات مجلس بیستم و تشکیل جمعیت نگهبانان آزادی مجددا فعال شد، او از آغازین سالیان دهه چهل تا پایان حیات، گوشه عزلت گزید و به نگارش آثار خود پرداخت. او در زمره سیاستمداران مورخ به شمار می‌رود که آثار زیادی در تبیین تحولات یک قرن اخیر به نگارش در آورده است.

آثار و تالیفات تاریخی و سیاسی حسین مکی گوناگون است. وی فردی ادیب، مورخ و نویسنده آثار سیاسی و اجتماعی شناخته شده است. نخستین اثر ادبی وی مربوط به اواخر سال‌های 30 است، یعنی در سال 1939 منتخبات اشعار یک شاعر ایرانی اصفهانی الاصل را که معاصر شاه سلطان حسین بود، منتشر کرد. در سال‌های 1940-1941 با مقدمه و ایضاحات حسین مکی منتخبات آثار شعرای قرون وسطای ایران چاپ شد. در سال 1943 وی دیوانی اشعار شاعر مترقی فرخی یزدی را منتشر کرد. در سال 1956 مجموعه شعر گلستان ادب را به طبع رسانید.



مکی چند کتاب درباره تاریخ نوین ایران منتشر کرده است، مهمترین آن‌ها زندگی‌نامه میرزا تقی‌خان امیرکبیر است و مدت هفت سال روی آن کار کرده است. همچنین اثر وی به نام «تاریخ بیست ساله ایران» و نیز تالیفاتی که جنبه شرح حال تاریخی دارد و همچنین نطق‌های او در مجلس 15 است و از تالیفات اجتماعی او باید از مقالاتش در روزنامه‌ها و مجلات یاد کرد.

در میان آثار مکی آنچه که درباره تاریخ نوین ایران به قلم آورده «تاریخ بیست ساله ایران» بیشتر جلب توجه می‌کند. او نیز مانند دیگر مورخان بورژوازی به اشخاص و رجال دولت بیشتر اهمیت می‌دهد، چون در وجود و منویات آنان ایده‌آل شخص خود را می‌بیند. کتاب تاریخ بیست ساله ایران اثر حسین مکی است؛ این اثر از بسیاری از جهات یک اثر منحصر به فرد محسوب می‌شود. برای نخستین بار در طول تاریخ معاصر ایران، نگارش و نشر یک اثر بیش از چهل سال به طول انجامیده‌ است.

این اثر که بخش‌هایی از مجلد نخست آن در سال 1321 در روزنامه مهر ایران منتشر می‌شده، سرانجام در سال 1364 (چهل و سه سال) به چاپ جلد نهایی (جلد هشتم) رسیده ‌است. برخلاف نام کتاب، این اثر به شرح وقایع 1299 تا 1323 (بیست و چهار سال) می‌پردازد. برخی معتقدند که کتاب‌های زندگانی سیاسی سلطان احمد شاه و نفت و نطق مکی (هر دو به قلم همین نویسنده) را نیز می‌توان به عنوان مقدمه و موخره تاریخ بیست ساله ایران در نظر گرفت. در کتاب «مختصری از زندگی سلطان احمدشاه قاجار» مولف دقت اساسی خود را به تصویر زندگانی و فعالیت شخصی احمدشاه می‌دهد و سعی می‌کند علت سقوط قاجار و روی کار آمدن رضاشاه را در مشی و منش و سجایای احمدشاه بیابد.

در کتابچه «انتقاد به جزوات بازیگران عصر طلایی، مدرس قهرمان آزادی» تالیف خواجه نوری می‌نویسد از رجال برجسته در حدود سال‌های 1920 مدرس است که نماینده روحانیون عالی‌مقام و سیاستمدار درجه اول بوده و نقش بزرگی در زندگی اجتماعی مردم ایران داشته است.
حسین مکی دکتر مصدق را بزرگترین شخصیت سیاستمدار ایران می‌شناسد و جزوه سخنرانی‌های وی را نیز که در دوره‌های 5 و 6 قانونگذاری ایراد کرده در سال 1945 منتشر کرده است. مکی از مورخانی است که برای نخستین بار در ایران علت تغییر سلطنت یعنی سقوط سلسله قاجار و روی کار آمدن خاندان پهلوی را در سال 1921 تحلیل علمی کرده است. این موضوع را در ظرف مدت 15 سال هیچ کدام از مورخان ایرانی در میان نگذاشتند و در این باره سکوت کردند.

مکی نسبت به حوادث سال‌های 1919 تا 1925 دقت ویژه مبذول داشته که در تاریخ آینده ایران تاثیر بسیاری داشته است. وی در تاریخ بیست ساله ایران به این موضوع اهمیت ویژه‌ای داده است. وی این اثر را در سال‌های 1944 و 1946 منتشر کرده است. این کتاب درباره بورژوازی ایران و تاریخ تشکل و شکوفایی آن به طور کامل توضیح دارد. سال 1921 را که سال انقراض خاندان قاجار و استقرار سلسله پهلوی بوده آغاز تاریخ نوین ایران می‌شمارد. مکی در جلد نخست کتاب مقدمات و موجبات تحول، در جلد دوم حوادثی که باعث انقراض قاجاریه شد و در جلد سوم روی کار آمدن سلسله پهلوی را ضبط کرده است.
 
 مکی در بیان روی کار آمدن سلسله پهلوی و انقراض سلسله قاجار، حرکت آزادی‌بخش ملی را با دگرگونی در دولت و به اصطلاح انقلاب دولتی متقارن هم می‌داند، در صورتی که کودتای 1921 با زور سرنیزه قزاق‌ها و فرماندهی رضاخان و حمایت و پشتیبانی انگلیسی‌ها انجام پذیرفت. این حرکات را مکی حادثه مهم تاریخی به‌شمار می‌آورد. بعد از این در ایران دیکتاتوری شروع شده و بر روشنفکران تضییق وارد می‌آید و هنوز هم ایران از آثار آن دیکتاتوری رنج می‌برد.

مکی جزو آن عده قلیل از مورخان بورژوازی ایران است که تاثیر انقلاب روسیه را بعد از انقلاب اکتبر مشخص می‌کند. بعد از جنگ بین‌الملل اول، برپایی حکومت کمونیستی، محو شدن دیکتاتوری تزاریسم در روسیه افکار نوینی در دنیا ایجاد کرد که تاثیر آن در تمام ممالک و همچنین در ایران ظاهر شد. او در عین حال خوب درک می‌کند که تاثیرات خارجی بدون داشتن زمینه داخلی امکان‌پذیر نبوده و ایران در آن شرایط نمی‌توانسته است کار را به برانداختن و تحول دولت بکشاند. به نظر مکی رژیم قاجار پوسیده بود و دستگاه‌های دولتی زنگ زده، امکانات نارسا، خزانه خالی و... مکلی بر این عقیده است که در تحول سوم حوادث (اسفند) و در جریان این حوادث از نارسایی‌ها و نارضایتی‌ روشنفکران علیه ارتجاع به خوبی بهره‌برداری شده و در به دست آوردن حکومت مردم را بازیچه دست خویش کرده‌اند.

مکی معترف است که در تهیه و آمادگی کودتای سوم اسفند و به ثمر رساندن این تحول انگلیسی‌ها نقش اساسی را ایفا کرده است. وی با ارائه اسناد و مدارک نشان می‌دهد که از سال 1921 تا 1923 هیات حاکمه وقت متحد و دارای تشکیلات صحیح و مرتب نبوده‌اند و کارها از روی نظم و تربیت جریان نداشته و فقط طرفداران رضاخان مسلط بر امور بوده، در کارهای دولتی و شهرداری و در شهرستان‌ها دخالت کرده، کشور را اداره کرده‌اند تا این‌که نمایندگان دوره پنجم قانونگذاری رضاشاه را به سلطنت برگزیدند.



مکی عقیده به مشروطیت دارد او معتقد است حکومت صحیح قانونی سبب پیشرفت و ثبات مملکت خواهد شد، این قسم حکومت را انسان پرور و دادگستر می‌شمارد. اجرای قوانین مشروطیت را باعث ترقی و تعالی کشور می‌داند و البته وی چنین حکومتی را در وجود شخص احمدشاه می‌بیند و معتقد است که این پادشاه همیشه تابع قانون بوده است.

مکی علت ضعف و انحطاط ایران را در دوره حاکمیت سلاطین قاجار ناشی از کوته‌بینی پادشاهان این سلسله و بی‌لیاقتی دستگاه‌های حکومتی آنان می‌داند، به حدی که این بی‌لیاقتی‌ها کار را بدانجا کشانید که کشور به آغوش استعمارگران بیفتد. همچنین درباره شخص احمدشاه معتقد است که وی یک دیپلمات عاقل و وطن‌خواه بوده است و با هر گونه نفوذ بیگانه در کشور مخالفت داشته است. وی انحلال مجلس را در دوره جنگ جهانی اول از طرف احمدشاه یک قدم مثبت به شمار می‌آورد زیرا احمدشاه بر این باور بود که این مجلس فقط آلتی در دست بیگانگان بوده است ولی در حقیقت این انحلال از طرف شورای سلطنتی و درباریان عملی شده است.

مکی مدرس را بزرگترین رجل سیاسی سال‌های 20 می‌شمارد که نماینده روحانیون عالی‌مقام بوده و کسی است که پس از جنگ بین‌الملل اول در زندگانی اجتماعی و سیاسی ایران نقش مهمی داشته است. وی از مدافعان سلسله قاجار و طرفدار جدی فئودالیسم و مخالف هر نوع اصلاحات مترقیانه و در راس جناح راست نمایندگان مجلس بوده است. مکی وطن‌خواهی او را تقدیس می‌کند، او را محکم و با پبات رای می‌خواند و در حق وی می‌گوید: مدرس بازیگر عصر طلایی نبوده، او شهید راه آزادی، عذاب کشیده و وطن‌دوست بود، همیشه معتقدات محکم داشت و مثل دیگران عقاید خود را هرگز عوض نمی‌کرد.



مکی میهن‌پرستی مدرس را در مخالفت جدی با قرارداد 1919 ایران و انگلیس و نخست وزیر انگلیس‌پرست آن، وثوق‌الدوله و عدم سازش با رضاشاه می‌بیند. مکی مدرس و طرفداران وی را نیروس سالم و برگزیدگان آزادی نام می‌گذارد. او موافق تمام فعالیت‌های سیاسی مدرس بود، از آن جمله اتحاد او در فوریه و ژوئن 1923 با یک عده نمایندگان مجلس و تقاضای استعفای مستوفی‌الممالک و تمایل او به تشکیل آن چنان دولت نرومندی که بتواند در برابر رضاخان ایستادگی کند... همه را تایید می‌کند.

مکی مصدق را نماینده شجاع ملت می‌داند و بر این باور است در زمانی که آزادی و میهن‌پرستی لگدکوب می‌شد؛ ملت فریادهای رسای خود را در سخرنانی‌های مصدق منعکس می‌ساخت و نطق‌های او از قلب همه مردم بیرون می‌آمد. او بدون واهمه و ترس از آزادی و قانون اساسی دفاع کرد. مکی برای شخصیت‌های تاریخی اهمیت ویژه قائل است و سجایانی اخلاقی رجال سال‌های 20 میلادی را برمی‌شمارد. مثلا سیاستمدار بااستعداد آن دوره یعنی مشیرالدوله را می‌ستاید که سه بار تشکیل حکومت داد و برخلاف وثوق‌الدوله عاقد قرارداد 1919 که عامل سیاست انگلستان بود، مشیرالدوله سعی می‌کرد با روسیه شوروی روابط عادی سیاسی و تجاری برقرار کند.

حسین مکی سرانجام ۱۷ آذر ۱۳۷۸ بر اثر بیماری سرطان درگذشت و در قطعه هنرمندان بهشت زهرای تهران به خاک سپرده شد.